在禁止开发区，依法加大对国家级自然保护区保护的力度，防止人类活动干扰。目前全国共建各类保护区2541个，占国土面积的14.7%，其中国家级的319个，占国土面积的9.6%。现在，省市级保护区受开发活动干扰较大，有的甚至撤销了。国家级自然保护区的调整面积和调整功能区的较多。
原则是依据自然保护条例严加保护。但对于国家一些大的基础设施建设项目，穿过自然保护试验区的，只要做好环评和预防措施，该过的也得过。以前建的保护区面积过大的，根据实际情况作出科学调整也是允许的，只要实事求是就行。但必须报请国务院批准才行。
在限制开发区，目前最紧迫的任务是要尽快把具有国家级意义的重要生态功能区保护起来，划分出核心区、缓冲区和试验区，进行分区管理，适度开发。环保部已组织十多个部门，成立了国家级重要生态功能区评审委员会，在全国十多个省试点。国务院办公厅正在协调有关部门，准备出台评审办法程序和标准的文件。这类主体功能区，主要是用各种环境措施，防止强度开发破坏生态功能区的生态功能。
在优化开发区和重点开发区，主要是强调生态建设。目前环保部大力推行生态政区建设，包括生态省、生态市、生态县、环境优美乡镇和生态村，而且还都有建设标准。从省域和市域的角度，主要引导建设绿色产业体系，绿色资源保障体系，绿色生态屏障体系，绿色人居环境体系，绿色消费体系和生态文化体系。在生态村镇范围内，主要引导建设环境优美、生活富裕、人际和谐的村镇。
目前，全国已有15个省提出建设生态省，500多个县市提出建设生态县、市。国家已命名了11个生态县、市，公示14个，通过验收20个。已命名的环境优美乡镇1027个，生态村107个。关于生态省市建设工作，江苏省做得最好，其次浙江省。生态村建设，海南省和河北省建设最好。西部地区四川省做得好。
问题和挑战
主体功能区分类问题。主体功能区这个概念很好，但如何把空间按主体功能科学划分若干区域，却是个需要深入研究的问题。比如，规划中划分的4类主体功能区，实际上不是按功能分类的，而是按开发方式和强度分类，把区域功能都体现在不同开发方式的空间里面。
这里面有个逻辑关系问题，即是先确定区域功能，再由区域的功能规定开发方式呢，还是先确定不同空间的开发方式，然后再根据不同空间的开发方式，确定不同的区域功能呢？显然是先确定空间功能，再规定适应空间功能的开发方式。空间主体功能是以区域资源环境承载力为基础，依据区域生态功能、现有开发基础和未来发展潜力确定的，是客观存在，是决定开发方式的基础。
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