当前，环评种类为建设项目环评、区域规划环评、发展战略环评和政策环评。环评“三审”分别为，一审项目选置，看符不符合功能区要求；二审项目性质，看符合不符合产业政策和区域发展方向；三审项目环境影响，看是否能对当地环境乃至周边事物产生不利影响。根据主体功能区定位，首先要求开展区域规划和产业发展战略环评，尤其是重点开发区的规划环评。没有开展区域规划环评的，可对该区内的建设项目环评报告书不予受理。
禁止开发区不准建设开发项目。禁止开发区包括几种情况：有国内法规的，包括国家级自然保护区和国家级风景名胜区。有国际公约的，包括世界文化自然遗产，有部门规章的包括国家森林公园和国家地质公园。有法规的要依法严格管理。无法规的按照禁止开发区的要求办理。一些国家重点基础设施建设工程(交通、通讯、电网)经过环评合格，可在试验区穿过。其他项目不准建设。
限制开发区包括两大类。在重点生态功能区内，要根据生态服务功能，严格限制开发强度。从建设项目环评上考虑，一是严格环境准入标准，凡是对主体功能有较大影响的开发项目，不予通过环评；二是符合该区发展方向的项目，也要实行严格的环境保护措施，严格按功能区要求达标排放。在农产品主产区，从保护基本农田数量的角度，是不允许建设工业化和城市化项目的。限制开发区内，一般仅限于建设旅游、传统农业和畜牧业开发项目。
优化开发区建设项目环评，关键是看项目的科技含量和产业类型，应以第三产业和高新技术产业项目为主，因为是人口稠密区，应严格按城市各功能区的环境质量标准进行环境影响评价。以此作为调整产业结构的助推器，促进发展循环经济、绿色经济、低碳经济。在该区把恢复生态和改善环境质量作为硬约束目标。
对于重点开发区建设项目的环评，要依据项目的排放情况对周边环境的影响评价，提出防止污染和避免造成生态破坏的对策措施。对该区环评的硬要求，一是污染物排放必须按功能区达标，二是污染物排放总量必须满足国家对该区的总量分配指标要求。
同时，把好建设项目“三同时”验收关。首先，看在环评阶段提出的防治污染措施是不是同时设计了、同时建设了、同时运行了；其次，通过环境监测分析、检查环保设施的运行效果是不是达到预期的目标，还要检查环保的各项规章制度是否建立等。
生态保护措施要求
从全国主体功能区规划中划分的4类功能区来看，可大致分为两类，一类是以保护生态屏障功能为主，如禁止开发和限制开发区。另一类是以开发利用为主，但开发要讲究方式，要以资源环境承载力为基础，以遵循自然规律为准则，进行优化开发，科学开发，如优化开发区和重点开发区。从环境保护的角度出发，通过采取不同生态保护与建设措施，可加快促进国家主体功能区的形成。
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